Stiftsdireksjonens saker har i stor utstrekning vært blandet sammen med biskopens eller stiftamtmannen/fylkesmannens arkivsaker. Brev til stiftsdireksjonen har ofte vært stilet utelukkende til en av dens nevnte medlemmer, og har vært journalisert forskjellig. Til dels gjelder dette skriftstykker i samme sak. I den utstrekning det har latt seg gjøre uten grundig gjennomlesning, er stiftsdireksjonens dokumenter blitt skilt ut og plassert i direksjonens eget arkiv. Under spørsmålet om plassering er også i stor utstrekning tatt hensyn til en naturlig sammenheng.