Nyordning av stiftamtsarkivet ble avsluttet i 1993. Selve arkivet begynner i 1695. Det er likevel enkelte dokumenter som er noe eldre, med en noe usikker proveniens. Opprinnelig ble arkivdanningen avsluttet etter hver embetsperiode, og det ble satt opp en arkivdesignasjon. Disse designasjonene finnes for perioden 1695-1812, med unntak av årene 1768-1788. I årenes løp har disse ordningene gått i oppløsning flere ganger, og arkivet har blitt gjenstand for nyordning. Nyordningen fra 1993 bryter med de tidligere ordningene, som deler arkivene i bolker etter stiftamtmennenes embedsperiode. Arkivet er nå støpt sammen til gjennomgående serier. For å gjennomføre dette er i liten grad tidligere serier oppløst. For å unngå dette, var det bl.a. nødvendig å beholde arkivene fra 1742-1751 svært like den opprinnelige bortleggingen. Det har ført til at mange gjennomgående serier er svært slunkne i disse årene (f.eks. brev fra kollegiene). I stedet må brevene søkes under emne innenfor perioden. Arbeidet har vært karakterisert av en sammenstøping av de tidligere ordnede delene og en plassering av de tidligere uordnede delene. I tillegg har deler av arkivet måttet oppspores blant andre embetsarkiv og realistisk ordnede serier av ulik karakter.