Mesteparten av Sjøetatens arkiv foreligger i Rigsarkivet i København. Et utvalg av arkivsaker som angår Norge, er overført hit. Ikke på noe tidspunkt har Sjøetaten benyttet kontorer som behandlet norske spørsmål alene. Mottatte bestanddeler er utelukkende pakkesaker. De utgjør 24 hyllemeter og omfatter vesentlig tidsrommet 1671-1813. Her finnes overveiende materiale fra den sentrale kommissariatsforvaltningen. Slik bestanden nå er ordnet, faller den i to hoveddeler. Det gjelder for det første diverse korrespondansesaker og kommisjons- og embetsarkiver, dessuten enkelte pakker som etter sine emnersupplerer Sjøetaten, men som synes å ha hørt hjemme i andre arkiver, særlig Rentekammeret. Det gjelder for det andre en langt større bestanddel, som omfatter regnskaper, til dels bevart i sammenhengende rekker. Blant korrespondansesakene dominerer en grunnstamme av innkomne norske brev, ordnet kronologisk og ufullstendig bevart (fra 1671). Denne rekken dokumenterer bl.a. leveranser av trelast, jern og proviant og utskrivning av mannskaper, orienterer om Fredriksverns verft i oppbyggingsfasen, og inkluderer egenhendige skrivelser fra offiserer, bl.a. Iver Huitfeldt. Kommisjonsarkivene (1795-1803) viser særlig undersøkelser som ble foretatt angående kystforsvaret. Dette materialet er plassert sammen med en oversikt (1786) over havne- og ankerplasser langs den norske østkysten. De sistnevnte emnene kan utdypes med enkelte pakkesaker vedrørende verft og festninger. Et iøynefallende embetsarkiv utgjør brev til og fra admiral Stockfleth (1801-1802). Her foreligger dessuten materiale som viser revisjon, desisjon og registrering av innkomne regnskaper. Regnskapssakene er mer oversiktlige i struktur, siden de for størstedelen ligger kronologisk ordnet etter avsendere. Her finnes sammenhengende rekker for Fredriksvern (1750-1813), Kristiansands verft (1807-1814), Kristiansand og det sønnafjelske kystforsvaret (1683-1722), Bergens materialmagasin (1810-1813), losekspressen (18