Vågan ble opprettet som kommune 1837 ved innføringen av det kommunale selvstyret. Fra kommunen ble Gimsøy 1856 skilt ut som egen kommune. Svolvær ble 1918 opprettet som ladested og skilt ut fra Vågan som egen bykommune. Vågan fikk sine nåværende grenser 1964 da den ble slått sammen med Gimsøy og Svolvær til den nye Vågan kommune. Vågan fikk på denne måten samme grenser den hadde hatt i perioden 1837-56.

I 1589 var Vågan sammen med Skrova og Gimsøy et residerende kapellani under Lødingen prestegjeld. Kirken på Skrova ble revet i 1713. Ifølge Erlandsen ble Vågan et eget soknekall i 1735, og ved reskript 14.1.1791 ble Vågan prestegjeld overført fra Salten til Lofoten og Vesterålen prosti. Ved kgl.res. 22.4.1852 ble det bevilget midler fra Nordlandske kirke- og skolefond til bygging av et bedehus i Henningsvær. Ved kgl.res. 18.6.1895 ble det tillatt å oppføre en ny kirke med minst 1000 sitteplasser for Vågan hovedsokn på prestegårdens grunn. Gimsøy sokn ble ved kgl.res. 3.9.1898 utskilt som eget prestegjeld fra 1.1.1899. Soknepresten skulle ifølge kgl.res. 29.3.1906 møte to ganger årlig på hjelpekirkegården som var tillatt anlagt på Kvalvika under gården Helle i Austnesfjorden for å forrette jordfesting. Svolvær ladested fikk egen føring av kirkebok og fødselsregister ved kgl.res. 1.2.1922. Ved kgl.res. 5.1.1934 ble det tillatt å bygge kirke i Svolvær ladested. Vågan prestegjeld ble delt ved kgl.res. 18.9.1936 i Vågan og Svolvær sokn. Ved kgl.res. 27.9.1946 ble ladestedet Svolvær utskilt fra Vågan som eget prestegjeld med virkning fra 1.7.1946. Digermulen kapell ble bygd i 1951. Ved kgl.res. 14.5.1969 ble Gimsøy, Vågan og Svolvær prestegjeld regulert slik at de områdene i Vågan kommune som ligger vest for en linje trukket mellom Kjellbergbukta og Festvågaksla, danner Vågan prestegjeld, mens områdene øst for linjen danner Svolvær prestegjeld. Gimsøy sokneprestembete ble nedlagt.