Sjøfartskontoret/Sjøfartsdirektoratet har gjennom skiftende administrativ tilhørenhet og organisering, ført en ganske enhetlig praksis med omsyn til arkivhold. Ordninger som ble etablert tidlig er blitt ført framover like til våre dager. Det ble i Sjøfartskontorets første tid innført et A-arkiv, det såkalte generelle arkivet, bestående av journaler, kopibøker og sakarkiv ordnet etter nøkkel, og et S-arkiv, Skipsarkivet, som bestod av journaler, kopibøker og skipsmapper ordnet etter løpenummer. Når et skip ble slettet fra skipsmatrikkelen ble mappen på skipet tatt ut fra S-arkivet og plassert i en egen arkivserie for slettede skip ordnet kronologisk på slettelsesdato. Dette materialet har fått egen arkivsignatur i Riksarkivet, se S-4998 Sjøfartsdirektoratet med forløpere, slettede skip. Arkivmaterialet etter skipsmålingen har også fått egen arkivsignatur, se S-1627 Sjøfartsdirektoratet med forløpere, skipsmålingen. A-arkivet omhandler de forretningsområder som loven av 1903 foreskrev og i tillegg en del saksfelt som kontoret fikk ansvar for seinere. Sakene gjelder bl.a. sjøulykker, overlastinger, innkjøp av skip fra utlandet, fartssertifikater, anordninger på og under dekk, lugarer, skipsinstrumenter, kostregler, dagbøker, lasting, arbeidstid, passasjerbefordring, emigrantkontroll, brann og eksplosjon om bord i skip, lastelinje, utenlandske lover og bestemmelser, kystfart, salg av skip til utlandet, isbryting, Internasjonalt arbeidsbyrå, sjømannshjem og sjømannsmisjon, statens bibliotek for sjømenn, sjørøveri, dekorasjoner, legater og fond, Skipsoppleggskomiteen 1928 og Sjøfartsrådet. En ikke uvesentlig del av arkivmaterialet gjelder forholdet til Det norske Veritas.