Jens Arup Seip hadde organisert arkivet sitt etter et system der endel av seriene var gitt koder som antydet hvor langt han var kommet i utviklingen av stoffet. Dette gjaldt særlig innen den vitenskapelige produksjonen (bøker, artikler, forelesninger, foredrag) der bakrunnsstoff og forarbeider gjerne var utskilt fra manuskripter og ferdige produkter. Som resultat var materiale om samme produkt spredt flere steder i arkivet. Under ordningsarbeidet ble det valgt å samle dette materialet så langt som mulig innenfor samme serier. Arkivet består derfort nå av åtte serier: korrespondanse, vitenskapelig produksjon, andres litteratur, konferanse/seminar, administrasjon, personlige papirer og gjenstander, kildesamling og avisutklipp. Se også Pa 891 - Seip-slekten.