Arkivet etter Medical Department (Medisinsk avdeling) dekker perioden 1940-1946. Det er et generelt saksarkiv som inneholder materiale om medisinsk behandling av sjøfolk på norske skip. Avdelingen førte kartotek over syke sjøfolk og utbetalte sykepenger, men dette kartoteket er ikke avlevert til Riksarkivet. Sammen med annet materiale fra Medical Department ble det etter krigen overført til Rikstrygdeverket.