Arkivet er systematisert i følgende hovedserier: Møtebøker som rommer fire selvstendige underserier, Saks- og korrespondansearkiv, Komiteer og utvalg, Underavdelinger, Foreninger og grupper, Arrangementer, NKUF og andre organisasjoner. Andre serier for den sentrale administrasjonen er: Personalforvaltning, Eiendomsforvaltning, Regnskap, Tegninger, Foto, Grammofonopptak og lydopptak, Gjenstander, Egenproduserte trykksaker og Avisutklipp. Serien Egenproduserte trykksaker består blant annet av en stor samling tidsskrifter fra organisasjonenes start frem til 1980-tallet. Ungdomsmisjonen er skilt ut som en egen serie J og underlagt en klausul på 80 år etter avtale med organisasjonen. For denne serien kreves tillatelse fra organisasjonen for å få innsyn. Resten av arkivet er klausulert i 60 år ihht. Forvaltningsloven §13, der Riksarkivaren gir innsyn.