Arkivet består av protokoller og sakarkiv. Referatprotokoll S omfatter hele Sjøfartsavdelingen og dekker perioden 1904-1927. I perioden 1928-1940 finnes referatene for 1. sjømannskontor i Handels- og industridepartementets referatprotokoll A, 1940-1945 i Sjøfartsdepartementets og seinere Næringsdepartementets referatprotokoll, 1945 Handels- og industridepartementets referatprotokoll I, 1946 Handels- og industridepartementets referatprotokoll uten litera, 1947 Handels- og industridepartementets referatprotokoll I, 1948-1954 Industridepartementets referatprotokoll S, 1955 -1962 Handelsdepartementets referatprotokoll S. Referatprotokoll S for 1956 mangler. Det samme gjelder referatprotokoll for 1960-62. Gjenparter av referatprotokollene finnes imidlertid blant arkivsakene etter 2. sjømannskontor. I perioden 1925-1927 hadde 1. sjømannskontor kopibok Sa/Sb sammen med 2. sjømannskontor, mens det i årene 1928-1937 hadde egen kopibok Sa. I perioden 1938-1945 var det igjen felles kopibok Sa/Sb. Årene 1945-1962 hadde kontoret nok en gang egen kopibok, Sa. Journal S omfatter tiden 1905-1907. Fra 1908 føres det to parallelle journaler, journal Sa og journal Sb. Sistnevnte journal inneholder saker vedrørende hjemsendelse og understøttelse av syke, forliste og nødlidende sjømenn. Kontorets øvrige saker ble journalført i Sa-journalen. Begge journalene dekker tidrommet 1908-1962, mens registeret til journal Sb går fram til 1960 og registeret til Sb til 1955. Sakarkivet er mangedelt og består av journalsaker, emneinndelte saker, sakarkiv etter nøkkel og diversegrupper. Delene er: Journalsaker S 1906-1908, Journalsaker Sa 1908-1919, Dødsfallssaker Sa 1908-1913, Arvesaker Sa 1914-1920, Arvesaker 1915-1962, Tvistigheter 1902-1924, Ettersøkte sjømenn 1909-1927, Ettersøkte sjømenn med registerprotokoll, registerkort og nummererte saksmapper 1927-1953, Hjemsendte sjømenn Sb, Redningsbelønninger, Forlissaker alfabetisk 1907-1921, Sakarkiv etter nøkkel 1929-1940, Emneordnede saker 1868-1959, Diverse I-IV og Journalsaker U 1906-1907 Hjemsendte sjømenn. Sistnevnte serie stammer fra Sjøfartskontoret. Det finnes et eget alfabetisk navneregister på kort over hjemsendte sjømenn. Registerkortene er påført journalnummer for alle dokumenter som vedrører angjeldende sjømann, og øverst i venstre hjørne på kortet står oppført det journalnummer som alle sakens dokumenter er arkivert på. Det gjøres også oppmerksom på at serien Dødsfallssaker fortsetter under betegnelsen Arvesaker.